公积金余额减少但款项未到账的原因可能有多种，包括放款延迟、系统更新维护、节假日影响等。具体分析如下：
1. 放款延迟：公积金提取后通常需要3—5个工作日才能到账，而不是实时到账。如果在这个时间段内款项未到账，属于正常情况，可以再等待一段时间。
2. 系统问题：公积金系统可能会进行维护或升级，这会导致数据更新不及时，款项显示已提取但实际上还没有到账。
3. 节假日影响：如果在节假日或周末申请提取公积金，可能会导致处理时间延长，因为非工作日不处理业务。
4. 银行问题：有时候银行系统出现故障也会导致转账延迟，这种情况下需要联系银行客服查询具体情况。
5. 审批流程：不同地区的公积金管理中心审核时间和效率存在差异，如果审批流程复杂，放款速度会相应减慢。
6. 单位缴纳问题：单位未能及时缴纳公积金导致入账延迟，尽管个人扣款已经扣除，但单位部分没有及时交到公积金中心。
综上所述，公积金余额减少但款项未到账可能是由多种原因造成的。如果超过正常到账时间仍未收到款项，建议及时联系公积金管理中心或银行以获取详细信息和解决方案。同时，保持与所在单位的沟通，确保单位按时缴纳公积金，避免因单位原因造成个人利益受损。